2017年伦敦SynBioBeta的opentron

这是克里斯汀·埃利斯在2017年伦敦SynBioBeta演讲的文字记录。在Opentrons,我们为生物学家制造机器人。我们的个人移液机器人价值5000美元,是一个负担得起的自动化协作平台。我们有一个令人惊叹的用户社区,他们开发了新的软件集成、硬件工具、试剂包,

这是克里斯汀·埃利斯在2017年伦敦SynBioBeta演讲的文字记录。

Opentrons

在Opentrons,我们为生物学家制造机器人。

我们的个人移液机器人价值5000美元,是一个负担得起的自动化协作平台。我们有一个令人惊异的开发了新的软件集成,硬件工具,试剂盒和开放源的协议的社区,可供任何人使用。

我们都知道生物技术是最强大和发展最快的技术部门,它使我们能够制造比以往任何时候都更复杂的生物工具。然而,在我们的生物工具和实验室工具之间,往往还有差距。

一方面,我们从头开始建立生物,我们正在打印合成DNA。另一方面,科学家们还在20世纪50年代获得专利的技术来解决它。

当然,移液管仍然有效,但当我们用手做重复性的工作时,我们就不能充分利用我们最好的东西——我们的大脑。

说到大脑,“三个臭皮匠胜过一个诸葛亮”这句古老的格言在生物学领域从来没有比这句话更真实或更明显。我们需要像opentron这样的工具,它们都是可访问的合作人员真正利用新的生物技术。

在这个房间里的许多人通过提出问题并寻求答案来谋生。嗯,在Opentrons上我们问自己:

当您提供科学家访问经济实惠,灵活,开源自动化工具和智能实验模块时会发生什么?在实验室里有个人机器人的样子是什么样的?

我们开始看到这个问题的答案以令人难以置信和有时娱乐的方式形成。

这是我最喜欢的剪辑之一。它被丹麦奥尔胡斯大学的学生发送给我们。We’re now in 50 countries and have more than 1,000 robots hard at work at every level of science, from prestigious academic institutions (like Stanford, Harvard, and MIT), to scrappy biotech startups (including some in this room), to big pharma firms, accelerators, incubators and community hackerspaces.

在我的余下的谈话中,我将专注于来自我们的用户社区的一些特定故事,说明我们的机器人是如何释放生物技术的下一波的协作和创新。

这是来自Umass Medical School的Amir Mitchell的实验室蒂芙尼。他们正在在动态改变环境中研究细胞调节,以更好地模拟健康和疾病的真实背景。虽然我们对细胞信号传导途径中的特定快照了解了很多,但我们知道如何随着时间的推移而表现 - 响应改变治疗或疾病状态。

做过需要多种时间敏感测量的实验的人都知道,每30分钟给细胞注射一次剂量并连续12小时给细胞拍照是一件很痛苦的事情。通过使用自动化,这样的实验可以更好地实现和执行,而这正是我们能够提供帮助的地方。

米切尔实验室利用我们的开源平台和他们自己的原型设计和工程创造力,创造了一套智能模块,帮助他们绘制生物电路的时间依赖行为。

他们已经集成了一个DIY细胞加热器、一个LED光遗传学模块等,不仅可以研究现有的网络,还可以将它们与他们在实验室中使用合成生物学工具设计和构建的替代电路进行比较。

这些有用的硬件模块可以设计,原型化,测试,并在仅限几周内无缝集成到Opentrons平台和API中 - 整个自动化系统,少于一个热循环仪的成本。

现在,你可能会想,“这真的很便宜,很酷,但普通用户没有访问指定的实验室工程师和创客空间怎么办?”

这就是伊莱恩这样的人。

幻灯片 -  Biomarin.jpg的elaine

伊莱恩是生物制药公司从事药物发现研究的科学家。她是一位生物学资深人士,过去十年一直从事蛋白质生物化学的移植物研究和工作,她把自己的其他专业人员称为自己的私人实验室助理。她主要用它对大肠杆菌蛋白组分进行定量分析,从而腾出时间阅读论文并设计更好的下游实验。

一开始,这对她来说不是最熟悉的事情。伊莱恩一直都是用移液管进行她自己的实验,从来没有想过能接触到像opentron这样的工具。她一开始没有编程、原型设计或自动化的背景,虽然我们开始为她编写工作流程,但她现在正在为自己的实验编写代码。她甚至说服她的部门购买了一台3D打印机,并正在为自己的移液管设计支架。

对伊莱恩本人来说,最重要的是,她开发了一种方案,使她每天运行的Bradford化验自动化,并对其进行了科学验证。您可以看到她使用机器人生成的这条标准曲线——它很简单,但它只是多个数据集中的一个。

最好的部分是,她的工作受益于整个Opentrons社区。她的工作流现在在我们的协议库上,任何人都可以使用它。它与下载协议一样简单,加载甲板和击中运行。

这就是开放获取负担得起的自动化的力量——它使像伊莱恩这样的人从对自动化一无所知变成对社区做出贡献。

我们刚刚发表了关于Elaine的故事在Opentrons.com的博客上,所以如果您想了解更多信息,请去查看!

不幸的是,我没有时间谈论我们像DFCI,扭曲生物科学和无数的其他人一样的所有令人敬畏的社区伙伴,所以我想突出更多的小组,这些组在我们的平台上建立了新功能。

花几秒钟观看这个视频。

这是斯坦福大道德国德尼实验室的研究生Anton Jackson-Smith的一个下午的原型。这是开源平台的力量。任何具有一些编程技能的人都可以构建他们梦寐以求的新功能 - 包括告诉他们的个人实验室机器人用语音命令进行替补工程。

科学的进步与创造更好的工具,因为为赋予发现的人们创造了更好的工具,我们对提供这些工具的热情。

我今天展示了你的是什么仍然只是一个开始。更多的生物学家像Elaine这样的生物学家每天都在Opentrons上开始,学习自动化的基础知识,以拯救自己的液体流动。和Amir和Anton这样的生物工程师正在建立令人难以置信的产品,以其社区的特殊需求。

Opentron的使命是将这些实验室连接起来,并将这些社区驱动的开发成果与任何需要它们的人分享。我们有能力促进和实现这个社区一直梦想的积极的科学素养和协作。

花一点时间问问自己 - 你的实验室可能自动化了什么?你会如何用每周都没有过时的额外时间来做什么?你想和谁一起工作?您想与Synbio社区的其余部分分享什么?如果您想听到我们的197个其他用户故事中的一个或谈论如何用Opentrons自动化工作流程,请与我谈谈!谢谢你。