Opentrons用户采访Youseq的Tom Huckvale

我们与资深科学家汤姆·哈克维尔(Tom Huckvale)就YouSeq如何使用三个Opentrons OT-2机器人来开发定制的基因面板和使用磁珠来纯化DNA进行了交谈。

成立于2018年,英国生物技术公司youseq.设计,开发和制造易于使用的下一代DNA测序(NGS)套件,面板和试剂。

我们与高级科学家汤姆Huckvale交谈了youseq如何使用三个Opentrons OT-2机器人用于开发自定义基因面板和使用磁珠纯化DNA

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Tom Huckvale在Youseq实验室中,他的OT-2液体处理机器人之一。信誉:汤姆哈克维尔

Opentrons:你有什么专门使用OT机器人做,以及它们如何适应您的工作流程?

汤姆哈克维尔:他们用于采用底漆的第一件事。我们为我们的NGS面板有底漆对,从制造商到达96孔板。我们必须将特定井的特定卷从特定板上汇集到各个管 - 所以我们为我们的NGS套件用于我们的单独底漆。

有时我们希望将每个单个[底漆]的相同量相同,进入一管。我们越来越多的协议。我们可以容易地具有成千上万的引物,并且希望将每个底漆的不同体积从一百个帘子板中放入单个管中进行反应。我们可能不想从一块板上取出一切:我们可能只需要一小部分,从另一个板上取下一些。所以这就是opentrons机器人适合的方式。

这些机器人的美丽与他们的开源性质,我们拥有我们所有引物的大数据库,我们的所有底漆对,它们是如何执行的,以及在它们上完成的QC。所有这些都适合创建机器人可以读取的电子表格。

这些机器人的美丽与他们的开源性质,我们拥有我们所有引物的大数据库,我们的所有底漆对,它们是如何执行的,以及在它们上完成的QC。所有这些都适合创建机器人可以读取的电子表格。通过许多制造商,您将锁定在他们的软件如何处理事物中。有很多专有文件格式。但是,我们只是用卷,井ID授予[机器人] CSV文件,它必须去哪里,它完全翻译它们,然后运行。

我们还有另一个opentrons机器人188手机开奖结果在一个单独的房间里用磁珠进行DNA净化。我们的很多实验都涉及到反应板,用磁珠手工清洗这些反应板有点棘手。从零开始,一个多星期后,我和我的同事丹尼尔为这个机器人想出了终极的珠子清理方法。它每次都做得非常非常好,所以我们可以给它整个96孔的DNA板来清洗,它只是在后台做这个。

我的意思是,要公平,我们用手做,但我们经历了很多珠子清洁,所以无论如何我们都很快。这不是节省时间。但只需能够设置一些东西然后使用那个时间来编写实验,想出新的想法,做别的事情,一直很重要。你可以把这些工作交给机器人,非常有信心这将是很好的,就像你坐在那里无意识地掠过的那样好。

Opentrons:我理解你一直在用Python编写协议脚本。你如何结束前进的路线,而不是使用协议设计师,在那里更多的选择方法?金宝搏188d网址

汤姆:我们曾经与之制定了协议OpenTrons协金宝搏188d网址议设计师应用程序。这是一个非常低的条目进入使用机器人,并且真的很好,真的很好。但这有一些局限性,特别是磁珠清洁。您无法使用协议设计器使用磁模块写协议。金宝搏188d网址188手机开奖结果

所以我们查看了Python脚本并意识到,实际上,它们非常简单,特别是使用OpenTrons API.在网站上。还有打印——有一份pdf——当你坐在它旁边的时候可以作为参考。你可以在里面找到任何你想做的事。你需要花一些时间来设置,但实际上,一旦它开始运行,它几乎不需要任何输入。

Opentrons:我会问你为什么选择OpenEnton在更大的制造商身上,但我不知道你是否可以回答,因为机器人将你作为员工预测你。[笑]

汤姆:[笑]我们在市场上,有一些非常大的球员。进入的障碍很高。您需要大量的前期投资,我们知道,您知道,启动现金。这是一个案例我们可以通过我们所花费的东西尽可能保持对公司的控制。我们需要自动化,以便在价格和产品质量上竞争许多这些公司。

[使用Opentrons]意味着我们不需要订阅或学习新软件只是为了为其编写协议。在以前使用自动化的工作中,您需要学习特定于该制造商特定机器人的新软件。因为需要几个星期,你有一个人学习如何做到,然后机器人只能被一个人使用。

我们希望让公司为这些Opentrons机器人的脚本写作。我的意思是,我希望看到他们中的十个,并且在公司中的每个人都至少在某些时候与他们互动,即使你只是用夫妻乐趣或尝试出来。

Opentrons:您提到使用机器人使您与更大、更老的公司竞争。如果没有自动化,你认为这个行业会有什么不同?

汤姆:我认为如果我们没有这种自动化,我们将提供更少的复杂产品,并且可能只有其中一些。并且难以接受新订单。由于它的开放性,我们现在已经与机器人相结合的这种管道一旦有自定义订单,那就是让机器人内在内部的......我的意思是,好的,好的,所以我们必须解冻一些事情,但是说一切都是碎片的,你可以有一个订单进来,你可以在半小时内准备这面板,20分钟。如果我们用手这样做,我们就不会那种速度。

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汤姆在Youseq实验室使用他的OT-2机器人。信誉:汤姆哈克维尔

我们也会犯错误,这是一个真正的危险。我们需要一些始终如一的东西。如果你可以释放它 - 它听起来有点悲伤,但是 - 从人类错误中免费获得它,这让客户快乐。

Opentrons:NGS是关于使高吞吐量,更快,更少的昂贵,并且恰恰相下,几乎根据定义。实验室自动化如何影响自己的吞吐量和精度?

汤姆:就这些产品的研发而言,我们可以做得更多。如果我要设计一个我必须用手做的实验,我会有更少的变量,我可以在任何时候测试。通过机器人,您可以精细调整很多这些实验。例如,在底漆池中,您可以对体积和浓度进行调整,单个测定,您将无法手动执行。这将带你几天,你会失去你的思想。

通过机器人......您可以对音量和浓度进行调整,单独的分析,您将无法手动做。这将带你几天,你会失去你的思想。但是你可以让机器人在一个下午完成这一点。

但是你可以让机器人在一个下午完成这一点。这意味着您可以更快地获得更好的产品。您可以优化大量的进程。你可以更快地回答。您可以尝试更多的东西,这意味着您可以获得您喜欢的产品的质量和更少的步骤。

总而言之,它具有很大的差异。这肯定是我推荐任何人的事情。我们有希望进入NGS的客户,所以他们来到我们身边,我们设计了他们的面板。但我们也表明他们看着Opentrons并在机器人上完成磁珠净化东西。我们共享我们用它们写的脚本,所以他们开始运行它们。Opentrons有助于。没有专有的文件格式,没有安全性。您不需要特殊密码。您只需向他们发送文本文件,然后他们可以读取其机器人阅读,同样的事情就像我们的实验室一样距离3000英里之外。

Youseq的一部分的哲学是,NGS根本不一定很复杂。很多实验室想做ngs,但看到它是很多术语,很多东西都没有真正有意义,它听起来真的很复杂,你不需要大量的数据,你不需要特殊的工具吗?......我们有点这么说,不,这真的很简单,我们会告诉你如何做到这一点。Opentrons也适合那种哲学。很高兴找到以同样的方式思考的公司。无论如何,我们都对Opentrons有很大的尊重,并且我们也希望支持这一点。它就是这样,他们的东西有效,我们喜欢它。

这次采访已经编辑了长度和清晰度。