验证工作站应用程序
自动化NGS库准备工作站
概述
下一代测序(NGS)是生命科学许多重要领域的基础，但为测序准备样本是一个费力而细致的过程。Opentrons自动化的NGS库机器人准备工作站和高质量的试剂，伴随着验证的协议，几乎任何实验室都可以端到端的自动化NGS库准备。
将您的样品放在OT-2实验室机器人上后，将使用温度模块进行酶解制备、结扎和建立扩增，以保持试剂的冷却。然后，它将使用自动甲板上的热循环器模块运行PCR步骤，并对磁性模块执行基于珠的清理。188手机开奖结果
这个Opentrons工作站包括了你在实验室开始自动化NGS库准备所需的一切;OT-2机器人，带有温度计模块、温度模块、磁模块、实验室设备、Swift生物科学图书馆准备包和Omega Bio-tek磁188手机开奖结果珠。
此工作站可用于以下应用程序：
- 全基因组测序(WGS)
- DNA测序
- Metagenomic测序
- 远程PCR扩增子
- 以全长双链cDNA输入起始的RNA-Seq
- 检测种系继承的SNV和indels
- 拷贝数变异检测
- 杂交捕获相关基因组区域(即外显子组)或感兴趣的转录本
Opentrons材料
OT-2(实验室自动化平台)
起价5000美元
Thermocycler模块
4800美元
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2400美元
温度模块与铝块
3000美元
P20S GEN2吸管
900美元
P300M GEN2吸管
1800美元
Omega mage - bind TotalPure NGS Kit (5ml)
114美元
Swift 2S Turbo DNA文库Kit (24 rxns)
420美元
Swift 2S Turbo独特双标引物试剂盒(96 rxns)
420美元
包括所有其他所需消耗品
好处
只需将试剂加载到机器人上，点击'run '，然后让工作站自动从一端到另一端准备NGS库。
- 2小时50分钟内取8个样品
- <$30 /样品试剂+消耗品
- 甲板PCR消除了中期人工干预
- <15分钟的动手准备
验证
该应用程序已与试剂合作伙伴Swift Biosciences和Omega Bio-tek充分测试和科学验证。
查看我们的申请笔记概述了Swift生物科学的验证过程在这里。
查看我们的申请笔记，概述欧米茄生物泰克认证过程在这里。
应用程序数据
用100 ng大肠杆菌基因组DNA构建的每个文库在一次试运行中产生了远高于测序所需最低量的近似产量，其CV(变异系数)为6%。用Illumina P5和P7适配器特异性引物扩增文库，经过10个索引PCR循环后定量文库。构建的文库平均条带大小为539 bp，每个文库条带约为34 nM。
图1
在上面所示的OT-2上构建的库显示了使用高灵敏度NGS片段程序的安捷伦片段分析仪上的预期峰值高度为~560 bp的痕量。
图2
基因组覆盖范围仍然存在于输入的DNA浓度上。在OT-2上准备的图书馆显示比手动制备的库类似或更大的覆盖范围。
笔记
试剂
我们的试剂合作伙伴Swift Biosciences和Omega Bio-tek已经对该应用程序进行了充分的测试和科学验证。我们建议您使用Swift 2S™Turbo DNA Library Kit和Omega Bio-tek magbind®TotalPure NGS beads。如果你想使用另一个试剂盒或不同的珠子，OT-2支持各种试剂来清理DNA。
实验室的器具
此应用程序已通过OpenTrons LabWare进行了验证，包括96孔PCR板，2毫升管，12孔水库和Opentrons提示。如果您有不同的实验软件要求，请联系我们的销售团队，讨论此协议的修改以满足您的需求。
吸量管
对于这种应用，我们建议使用P50或P20单通道移液管和P300 8通道移液管。如果您有不同的体积要求，请联系我们的销售团队询问协议修改。
